Staff Scientist / Research Assistant (project Neuron Cofund Micronet)

POSITION CLOSED

Staff Scientist / Research Assistant

Pracownia Neuroinformatyki Instytutu Biologii Doświadczalnej PAN, poszukuje pracownika na stanowisko badawczo-techniczne (Research Assistant) do rozwoju metod oraz wykonywania analiz związanych z wielkoskalowym przetwarzaniem obrazów biomedycznych (mikroskopia arkusza świetlnego, klasyczna mikroskopia świetlna, obrazowanie rezonansu magnetycznego, itp.).

W ostatnich latach nastąpił gwałtowny rozwój technik obrazowania mózgu różnymi metodami oraz wzrosła ilość danych do przetworzenia, co wymusza rozwój efektywnych i niezawodnych metod ich analizy. W Pracowni Neuroinformatyki rozwijamy oraz rutynowo stosujemy takie metody w projektach badawczych realizowanych wspólnie z partnerami zagranicznymi oraz krajowymi. Poszukujemy kandydatów pragnących rozwijać swoje umiejętności w tym zakresie, zainteresowanych doskonaleniem metod i narzędzi oraz, potencjalnie, długofalową współpracą oraz możliwością rozwoju naukowego (np. praca dyplomowa, doktorat, itd.). Oferujemy możliwość zatrudnienia w pełnym wymiarze czasu na umowę o pracę na okres 3 lat, realizacji własnego projektu badawczego, uczestnictwa w seminariach, konferencjach, szkoleniach oraz udział w publikacjach.

Osoby zainteresowane prosimy o kontakt. Nasze oczekiwania:

  • Doświadczenie programistyczne, preferowany Python.
  • Znajomość powłoki tekstowej systemu Linux.
  • Znajomość zagadnień związanych z obróbką obrazu, uczeniem maszynowym, statystyką, itp., a w przypadku braku, edukacja pozwalająca na opanowanie i implementację niezbędnych algorytmów i metod.
  • Gotowość podjęcia pracy na cały etat.
  • Język angielski na poziomie umożliwiającym komunikację z partnerami zagranicznymi.

Kwalifikacje będące dodatkowym atutem:

  • Znajomość bibliotek NumPy, SciPy, Matplotlib, SkImage, SkLearn.
  • Umiejętność przetwarzania wsadowego w środowisku Linux (np. skrypty powłoki), pracy na maszynach zdalnych, stosowania systemów kontroli wersji.
  • Zainteresowanie przetwarzaniem obrazów (2D i 3D), grafiką komputerową, znajomość rastrowych oraz wektorowych formatów obrazów.
  • Skrupulatności i dokładności w realizowaniu oraz zadań raportowaniu wyników.
  • Zakończone lub trwające studia z zakresu fizyki, matematyki, (neuro)biologii lub kierunków pokrewnych lub doświadczenie w projektach o charakterze neurobiologicznym.

W zgłoszeniu proszę załączyć:

  • list motywacyjny,
  • życiorys,
  • kody programów rozwiązujących zadania (im więcej tym lepiej),
  • krótki raport podsumowujący wykonane analizy.

Aplikacje będziemy przeglądać od 1 marca 2017. Nabór będzie prowadzony do czasu wypełnienia pozycji. Nie ma konieczności rozwiązywania wszystkich zadań, ale zgłoszenia bez żadnego rozwiązania nie będą rozpatrywane. Zgłoszenia lub ewentualne pytania proszę przesyłać na adres p.majka@nencki.gov.pl.web stats

Publikacje wykorzystujące metody opracowane w Pracowni Neuroinformatyki powiązane tematycznie ze opisywanym stanowiskiem:

  • Majka P., Chaplin T.A., Yu H., Tolpygo A., Mitra P., Wójcik D.K. and Rosa M. (2016). Towards a comprehensive atlas of cortical connections in a primate brain: Mapping tracer injection studies of the common marmoset into a reference digital template, Journal of Comparative Neurology, 11, 2161–2181, doi: http://dx.doi.org/10.1002/cne.24023.
  • Reser D.H., Majka P., Snell S., Chan J., Watkins K., Worthy K., Quiroga M.D.M., Rosa, G.P. (2016). Topography of claustrum and insula projections to medial prefrontal and anterior cingulate cortex of the common marmoset (Callithrix jacchus). Journal of Comparative Neurology, doi: http://dx.doi.org/10.1002/cne.24009.
  • Majka, P., Wójcik, D. K. (2016). Possum – A Framework for Three-Dimensional Reconstruction of Brain Images from Serial Sections. Neuroinformatics, 14, 265–278. doi: 10.1007/s12021-015-9286-1.
  • Zakiewicz, I. M., Majka, P., Wójcik, D. K., Bjaalie, J. G., and Leergaard, T. B. (2015). Three-Dimensional Histology Volume Reconstruction of Axonal Tract Tracing Data: Exploring Topographical Organization in Subcortical Projections from Rat Barrel Cortex. PLOS ONE, 10(9), e0137571, doi: 10.1371/journal.pone.0137571.
Advertisements