Research Assistant (Marmoset Connectivity Atlas Project)

Poszukujemy pracownika na stanowisko badawczo-techniczne (research assistant) do realizacji polsko-australijskiego projektu dotyczącego tworzenia mapy połączeń w mózgu ssaków naczelnych (http://marmosetbrain.org, https://projekty.ncn.gov.pl/opisy/458790-pl.pdf).

Oferujemy zatrudnienie na okres 12 miesięcy w pełnym wymiarze czasu na podstawie umowy-zlecenia (możliwe są też inne ustalenia), oraz elastyczne godziny pracy. Szczegółowy zakres zadań zależy od umiejętności i profilu kandydata (poszukujemy zarówno kandydatów o profilu biologicznym, jak i technicznym). Istnieje również możliwość realizacji własnego projektu (np. pracy dyplomowej, praktyk wakacyjnych) w oparciu o badania realizowane w Pracowni Neuroinformatyki oraz udział w publikacjach naukowych.

Główne zadanie:

  • Analiza wyników doświadczeń: mapowanie danych o połączeniach strukturalnych w mózgu ssaków naczelnych (przykładowe artykuły na dole ogłoszenia). To przede wszystkim praca z dużą liczbą obrazów skrawków histologicznych, częściowo przetwarzanie ich w oparciu o gotowe oprogramowanie i skrypty, częściowo ręczne poprawki obrazów przetworzonych automatycznie. Zadania obejmują również opracowywanie wyników analiz, przygotowywanie wykresów, wizualizacji, itp.

Od kandydatów oczekujemy:

  • Wstępnej znajomości programów do obróbki grafiki rastrowej i wektorowej (np. Photoshop / GIMP, Illustrator / Inkscape),
  • Skrupulatności, dokładności w realizowaniu zadań oraz raportowaniu wyników,
  • Sprawnej komunikacji w języku angielskim (regularna wymiana maili oraz sporadyczne telekonferencje z partnerami australijskimi).

W zależności od umiejętności i profilu kandydata do zadań może również należeć:

  • Usprawnianie istniejącego oprogramowania, np. pomoc w tworzeniu modułów do przetwarzania obrazów mikroskopowych w oparciu o metody uczenia maszynowego,
  • Pomoc w rozbudowie portalu http://www.marmosetbrain.org/ w tym implementację narzędzi online do analizy i wizualizacji połączeń w mózgu.

Kwalifikacje będące dodatkowym atutem:

  • Zakończone lub trwające studia z zakresu fizyki, matematyki, (neuro)biologii lub kierunków pokrewnych,
  • Znajomości języka Python (poziom średniozaawansowany, np. NumPy, SciPy, Matplotlib, SQLite),
  • Znajomość powłoki tekstowej systemu Linux, znajomość systemów kontroli wersji,
  • Zainteresowanie technologiami przetwarzania obrazu z zastosowaniem uczenia maszynowego.

W zgłoszeniu proszę załączyć list motywacyjny oraz życiorys. Zgłoszenia lub pytania proszę przesyłać na adres p.majka@nencki.edu.pl . Rekrutację prowadzimy do znalezienia odpowiedniego kandydata / kandydatki możesz aplikować w każdej chwili.

Prosimy o zamieszczenie w cv następującej klauzuli:

Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych zawartych w niniejszym formularzu rekrutacyjnym przez Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN z siedzibą w Warszawie przy ulicy Pasteura 3 (administrator danych), na potrzeby rekrutacji na stanowisko określone w ogłoszeniu, zgodnie z Rozporządzeniem Parlamentu Europejskiego i Rady UE 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE w ramach realizacji obowiązku prawnego ciążącego na administratorze danych (art.6 ust.1 lit. a ) oraz ustawą z dnia 10 maja 2018 r. o ochronie danych osobowych (Dz.U.2018 poz.1000).

Klauzula Informacyjna

Administratorem danych osobowych jest Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN z siedzibą w Warszawie przy ulicy Pasteura 3.

Dane kontaktowe Inspektora Ochrony Danych Osobowych: iod@nencki.gov.pl

Dane osobowe zawarte w cv, zbierane są i będą przetwarzane wyłącznie w celu rekrutacji na stanowisko określone w ogłoszeniu, prowadzonej przez Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN.

Wyrażenie zgody na przetwarzanie danych osobowych,  jest dobrowolne, ale konieczne do wzięcia udziału w rekrutacji. Oświadczam, że zostałem/am, poinformowany/a, że mam prawo w dowolnym momencie wycofać zgodę. Wycofanie zgody nie wpływa na zgodność z prawem przetwarzania, którego dokonano na podstawie zgody przed jej wycofaniem.

Dane osobowe zbierane w celu realizacji procesu rekrutacji będą przetwarzane przez okres niezbędny do organizacji i zakończenia procesu rekrutacji oraz rozpatrzenia ewentualnej reklamacji, jednak nie dłużej niż do 31 grudnia 2021 r.

Dane osobowe nie będą przekazywane do państwa trzeciego.

Przysługuje Pani/Panu prawo do żądania od administratora dostępu do danych osobowych dotyczących swojej osoby, ich sprostowania, usunięcia lub ograniczenia przetwarzania, a także prawo sprzeciwu oraz prawo do przenoszenia danych. Przysługuje Pani/Panu także prawo wniesienia skargi do organu nadzorczego (Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych).

Nasze publikacje związane tematycznie z proponowanym stanowiskiem:

  • Majka P., Bai S., Bakola S., Bednarek S., Chan J., Jermakow N., Passarelli L., Reser D., Theodoni P., Worthy K., Wang X-J, Wójcik D., Mitra P.P., Rosa M.G.P. (2020). Open Access Resource for Cellular-Resolution Analyses of Corticocortical Connectivity in the Marmoset Monkey Nature Communications, 11, 1133 (2020). doi: 10.1038/s41467-020-14858-0.
  • Liu C., Ye F.Q., Newman J.D., Szczupak D., Tian X., Yen C.C., Majka P., Glen D., M.G.P Rosa., Leopold D.A., Silva A.C. (2020). A resource for the detailed 3D mapping of white matter pathways in the marmoset brain. Nature Neuroscience 23, 271–280, doi: 10.1038/s41593-019-0575-0.
  • P. Majka, M.G.P. Rosa, S. Bai, J.M. Chan, B.-X. Huo, N. Jermakow, M.K. Lin, Y.S. Takahashi, I.H. Wolkowicz, K.H. Worthy, R. Rajan, D.H. Reser, D.K. Wójcik, H. Okano, P.P. Mitra (2018). Unidirectional monosynaptic connections from auditory areas to the primary visual cortex in the marmoset monkey. Brain Structure and Function (2018), Link do artykułu.
  • Majka P., Chaplin T.A., Yu H., Tolpygo A., Mitra P., Wójcik D.K. and Rosa M. (2016). Towards a comprehensive atlas of cortical connections in a primate brain: Mapping tracer injection studies of the common marmoset into a reference digital template, Journal of Comparative Neurology, 11, 2161–81, doi: 10.1002/cne.24023. Link do artykułu.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google photo

You are commenting using your Google account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s