Research Assistant in Marmoset Connectivity Atlas Project

Nabór na tą pozycję jest otwarty do 30 czerwca 2019.

Research Assistant

Poszukujemy pracownika na stanowisko badawczo-techniczne (research assistant) do realizacji polsko – australijskiego projektu dotyczącego tworzenia mapy połączeń w mózgu ssaków naczelnych. Oferujemy zatrudnienie na okres 12 miesięcy w pełnym wymiarze czasu (możliwe są też inne ustalenia), oraz elastyczne godziny pracy. Szczegółowy zakres zadań zależy od umiejętności i profilu kandydata (poszukujemy zarówno kandydatów o profilu biologicznym, jak i technicznym). Istnieje również możliwość realizacji własnego projektu (np. pracy dyplomowej, praktyk wakacyjnych) w oparciu o badania realizowane w Pracowni Neuroinformatyki oraz udział w publikacjach naukowych.

Główne zadanie:

  • Analiza wyników doświadczeń: mapowanie danych o połączeniach strukturalnych w mózgu ssaków naczelnych (przykładowe artykuły na dole ogłoszenia). To przede wszystkim praca z dużą liczbą obrazów skrawków histologicznych, częściowo przetwarzanie ich w oparciu o gotowe oprogramowanie i skrypty, częściowo ręczne poprawki obrazów przetworzonych automatycznie.

Od kandydatów oczekujemy:

  • Wstępnej znajomości programów do obróbki grafiki rastrowej i wektorowej (np. Photoshop / GIMP, Illustrator / Inkscape),
  • Skrupulatności, dokładności w realizowaniu zadań oraz raportowaniu wyników,
  • Sprawnej komunikacji w języku angielskim (regularna wymiana maili oraz sporadyczne telekonferencje z partnerami Australijskimi).

W zależności od umiejętności i profilu kandydata do zadań może również należeć

  • Uprawnianie istniejącego oprogramowania, np. pomoc w tworzeniu modułów do przetwarzania obrazów mikroskopowych w oparciu o metody uczenia maszynowego,
  • Pomoc w rozbudowie portalu http://www.marmosetbrain.org/ w tym implementację narzędzi online do analizy i wizualizacji połączeń w mózgu.

Kwalifikacje będące dodatkowym atutem

  • Zakończone lub trwające studia z zakresu fizyki, matematyki, (neuro)biologii lub kierunków pokrewnych,
  • Znajomości języka Python (poziom średniozaawansowany, np. NumPy, SciPy, Matplotlib, SQLIte),
  • Znajomość powłoki tekstowej systemu Linux, znajomość systemów kontroli wersji,
  • Zainteresowanie technologiami przetwarzania obrazu z zastosowaniem uczenia maszynowego.

W zgłoszeniu proszę załączyć list motywacyjny oraz życiorys. Zgłoszenia lub pytania proszę przesyłać na adres p.majka@nencki.gov.pl do 30 czerwca 2019. Pozycja jest dostępna od 1. lipca 2019.

Nasze publikacje związane tematycznie z proponowanym stanowiskiem:

  • Atapour N., Majka P., Wolkowicz I.H., Malamanova D., Worthy K.H., M.G.P Rosa. (2018). Neuronal Distribution Across the Cerebral Cortex of the Marmoset Monkey (Callithrix jacchus) Cerebral Cortex, Link do artykułu.
  • P. Majka, M.G.P. Rosa, S. Bai, J.M. Chan, B.-X. Huo, N. Jermakow, M.K. Lin, Y.S. Takahashi, I.H. Wolkowicz, K.H. Worthy, R. Rajan, D.H. Reser, D.K. Wójcik, H. Okano, P.P. Mitra (2018). Unidirectional monosynaptic connections from auditory areas to the primary visual cortex in the marmoset monkey. Brain Structure and Function (2018), Link do artykułu.
  • Rosa, M.G.P., Soares J.G.M., Chaplin T.A., Majka P., Bakola S., Phillips K.A., Reser D.H., Gattass R. (2018). Cortical afferents of area 10 in Cebus monkeys: implications for the evolution of the frontal pole. Cerebral Cortex, Link do artykułu.
  • Majka P., Chaplin T.A., Yu H., Tolpygo A., Mitra P., Wójcik D.K. and Rosa M. (2016). Towards a comprehensive atlas of cortical connections in a primate brain: Mapping tracer injection studies of the common marmoset into a reference digital template, Journal of Comparative Neurology, 11, 2161–81, doi: 10.1002/cne.24023. Link do artykułu.

 

Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google photo

You are commenting using your Google account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s