Research Assistant
Poszukujemy pracownika na stanowisko badawczo-techniczne (research assistant) do realizacji polsko-australijskiego projektu dotyczącego tworzenia mapy połączeń w mózgu ssaków naczelnych (http://marmosetbrain.org, https://projekty.ncn.gov.pl/opisy/458790-pl.pdf).
Oferujemy zatrudnienie na okres 12 miesięcy w pełnym wymiarze czasu na podstawie umowy-zlecenia (możliwe są też inne ustalenia), oraz elastyczne godziny pracy. Szczegółowy zakres zadań zależy od umiejętności i profilu kandydata (poszukujemy zarówno kandydatów o profilu biologicznym, jak i technicznym). Istnieje również możliwość realizacji własnego projektu (np. pracy dyplomowej, praktyk wakacyjnych) w oparciu o badania realizowane w Pracowni Neuroinformatyki oraz udział w publikacjach naukowych.
Główne zadanie:
- Analiza wyników doświadczeń: mapowanie danych o połączeniach strukturalnych w mózgu ssaków naczelnych (przykładowe artykuły na dole ogłoszenia). To przede wszystkim praca z dużą liczbą obrazów skrawków histologicznych, częściowo przetwarzanie ich w oparciu o gotowe oprogramowanie i skrypty, częściowo ręczne poprawki obrazów przetworzonych automatycznie. Zadania obejmują również opracowywanie wyników analiz, przygotowywanie wykresów, wizualizacji, itp.
Od kandydatów oczekujemy:
- Wstępnej znajomości programów do obróbki grafiki rastrowej i wektorowej (np. Photoshop / GIMP, Illustrator / Inkscape),
- Skrupulatności, dokładności w realizowaniu zadań oraz raportowaniu wyników,
- Sprawnej komunikacji w języku angielskim (regularna wymiana maili oraz sporadyczne telekonferencje z partnerami australijskimi).
W zależności od umiejętności i profilu kandydata do zadań może również należeć:
- Usprawnianie istniejącego oprogramowania, np. pomoc w tworzeniu modułów do przetwarzania obrazów mikroskopowych w oparciu o metody uczenia maszynowego,
- Pomoc w rozbudowie portalu http://www.marmosetbrain.org/ w tym implementację narzędzi online do analizy i wizualizacji połączeń w mózgu.
Kwalifikacje będące dodatkowym atutem:
- Zakończone lub trwające studia z zakresu fizyki, matematyki, (neuro)biologii lub kierunków pokrewnych,
- Znajomości języka Python (poziom średniozaawansowany, np. NumPy, SciPy, Matplotlib, SQLite),
- Znajomość powłoki tekstowej systemu Linux, znajomość systemów kontroli wersji,
- Zainteresowanie technologiami przetwarzania obrazu z zastosowaniem uczenia maszynowego.
W zgłoszeniu proszę załączyć list motywacyjny oraz życiorys. Zgłoszenia lub pytania proszę przesyłać na adres p.majka@nencki.edu.pl do 30 grudnia 2020. Pozycja jest dostępna od 1 stycznia 2021.
Nasze publikacje związane tematycznie z proponowanym stanowiskiem:
- Majka P., Bai S., Bakola S., Bednarek S., Chan J., Jermakow N., Passarelli L., Reser D., Theodoni P., Worthy K., Wang X-J, Wójcik D., Mitra P.P., Rosa M.G.P. (2020). Open Access Resource for Cellular-Resolution Analyses of Corticocortical Connectivity in the Marmoset Monkey Nature Communications, 11, 1133 (2020). doi: 10.1038/s41467-020-14858-0.
- Liu C., Ye F.Q., Newman J.D., Szczupak D., Tian X., Yen C.C., Majka P., Glen D., M.G.P Rosa., Leopold D.A., Silva A.C. (2020). A resource for the detailed 3D mapping of white matter pathways in the marmoset brain. Nature Neuroscience 23, 271–280, doi: 10.1038/s41593-019-0575-0.
- P. Majka, M.G.P. Rosa, S. Bai, J.M. Chan, B.-X. Huo, N. Jermakow, M.K. Lin, Y.S. Takahashi, I.H. Wolkowicz, K.H. Worthy, R. Rajan, D.H. Reser, D.K. Wójcik, H. Okano, P.P. Mitra (2018). Unidirectional monosynaptic connections from auditory areas to the primary visual cortex in the marmoset monkey. Brain Structure and Function (2018), Link do artykułu.
- Majka P., Chaplin T.A., Yu H., Tolpygo A., Mitra P., Wójcik D.K. and Rosa M. (2016). Towards a comprehensive atlas of cortical connections in a primate brain: Mapping tracer injection studies of the common marmoset into a reference digital template, Journal of Comparative Neurology, 11, 2161–81, doi: 10.1002/cne.24023. Link do artykułu.
Laboratory of Neuroinformatics 